În interiorul unei ferme ecologice este foarte important ca toate animalele din aceeași specie prezente în interiorul aceleiași ferme să fie crescute în sistem ecologic. Bunăstarea animalelor se va asigura pe toată durata vieții acestora.
Animalele trebuie să aibă posibilitatea de a se mișca liber într-o zonă externă de tip padoc și să aibă la dispoziție o suprafață de teren pentru pășunat.
Reproducție naturală
În fermele zootehnice din sistemul ecologic reproducerea animalelor trebuie să fie naturală, fiind interzis embrio-transferul, precum și toate practicile de manipulare embrionară și genetică, dar și utilizarea oricărei substanțe de origine sintetică ce duce la modificări în creșterea naturală a animalelor, cum sunt aditivii care stimulează apetitul și favorizează creșterea.
Întreținerea pe pășune
Animalele din ferma ecologică nu vor pășuna pe terenuri exploatate în sistem convențional. În perioada de transhumanță, animalele pot pășuna pe teren neecologic în cazul în care sunt transportate pe jos de pe o suprafață de pășunat pe alta. Animalele certificate ecologic pot să pășuneze pe pășuni comunale a căror suprafață este controlată și corespunde reglementărilor specificate în cazul agriculturii ecologice.
Îngrijirea animalelor ecologice
Folosirea medicamentelor alopatice în tratamentele preventive este interzisă. În cazul administrării de medicamente alopate, perioada de așteptare până la utilizarea producției în sistem ecologic se dublează. În astfel de cazuri se recomandă și izolarea animalelor bolnave. Animalul sau grupul de animale tratat reîncepe perioada de conversie. Animalele crescute pentru producția de carne se pot valorifica cu statut ECO doar după un an de la aplicarea sancțiunii.
Sunt autorizate vaccinările obligatorii prin lege și sunt admise și alte vaccinări dacă acestea sunt prescrise de medicul veterinar în condițiile în care în zonă evoluează o maladie care nu poate fi controlată prin alte mijloace decât cele din farmacologia convențională.
