O etapă foarte importantă în agricultura ecologică este cea a fertilizării. Și acest proces se supune unor reguli precise, pentru ca mai apoi produsele obținute să fie etichetate drept Ecologice sau Biologice. În agricultura ecologică, se utilizează două tipuri de îngrășăminte: cele organice și cele minerale naturale. Normele comunitare sunt specifice în cazul acestora.
Astfel, ca îngrășăminte organice pot fi folosite:
Gunoi de grajd fermentat, gunoi de grajd uscat și gunoi de păsări deshidratat;
Compost din excremente de animale, inclusiv gunoi de păsări și compost de gunoi de grajd;
Excremente lichide de animale;
Deșeuri menajere compostate sau fermentate;
Turbă;
Deșeuri provenite din cultivarea ciupercilor;
Guano;
Amestec de materii vegetale compostate sau fermentate (de la obținerea de biogaz);
Produse sau subproduse de origine animală: făină de sânge, făină de copite, făină de coarne, făină de oase sau făină de oase degelatinate, făină de pește, făină de carne, făină de fulgi, lână, blană, păr, produse lactate;
Produse și subproduse organice de origine vegetală;
Alge și produse din alge;
Rumeguș și așchii de lemn;
Compost din scoarță de copac.
Și în cazul îngrășămintelor minerale naturale lista este destul de lungă și cuprinde:
Fosfat natural moale şi fosfat aluminocalcic;
Zgură alcalină;
Sare brută de potasiu sau kainit;
Sulfat de potasiu, posibil cu conținut de sare de magneziu;
Reziduu rezultat de la distilarea alcoolului şi extract din reziduu;
Cenuşă de lemn;
Carbonat de calciu (cretă, marnă, rocă calcică pulverizată, depozit de nisip cu alge impregnate de calcar, cretă fosfatată);
Carbonat de calciu şi magneziu;
Sulfat de magneziu (kieserit);
Soluție de clorură de calciu;
Sulfat de calciu (gips);
Var industrial de la producerea zahărului;
Var industrial din procesul de fabricare sub vid a sării;
Praf de rocă şi argile
